San Juan de la Cuesta está situado en la falda de la montaña del mismo nombre a una altitud de 1.150 m, orientada al sur oeste y rodeado de un bosque de robles y pastos en las zonas bajas.

Es de los pueblos más altos de la comarca que por su ubicación ofrece el atractivo de sus excelentes vistas, dominando los valles de Sanabria central con el horizonte de las tierras de Padornelo y la cabrera, y los cañones de Secundera, Cárdena y Tera y el lago como fondo.

El terreno es escarpado, por lo que el caserío se articula entorno a las calles que recorren el terreno según las líneas de nivel, buscando la orientación más soleada y, dejando en medio espacios de huerto y praderas.

El tipo de construcción es el tradicional de Sanabria, conservando buenos ejemplos de esta arquitectura y un conjunto urbano con pocas edificaciones nuevas discordantes.